Με την θέσπιση της έδρας της Μουσικολογίας στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου της Κρήτης την καταλαμβάνει και ιδρύει το Εργαστήριο Μουσικολογίας –Θεατρολογίας. Δημιουργεί στούντιο το οποίο εξοπλίζεται με προηγμένης τεχνολογίας μηχανήματα και αρχίζει τις καταγραφές παραδοσιακών μουσικών της Κρήτης, η πρώτη φορά που ελληνικό πανεπιστήμιο αφιερώνεται σε σχετική έρευνα. Παράλληλα οργανώνει πλήθος εκδηλώσεις λόγιας δυτικής μουσικής στην αίθουσα 3 του Πανεπιστημίου Κρήτης. Από το 1986 ήταν μέλος του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών του ΙΤΕ στο Ρέθυμνο. Υπό τη στέγη των δυο ιδρυμάτων επόπτευσε ερευνητικά προγράμματα για την ελληνική παραδοσιακή μουσική: στο ΙΜΣ-ΙΤΕ ένα πρόγραμμα για την παραδοσιακή μουσική της Κρήτης και το δεύτερο, επονομαζόμενο Θάλητας, είχε στόχο να καταγραφούν οι μελωδίες που παίζονταν με βιολί στην Κρήτη. Από το 1986 διηύθυνε τη Δημοτική Βυζαντινή Χορωδία του Δήμου Ηρακλείου Κρήτης.
Tο 1990, μετακλήθηκε στο νεοσύστατο Τμήμα Μουσικών Σπουδών του ΕΚΠΑ στο οποίο δίδαξε ως καθηγητής Εθνομουσικολογίας μέχρι τον θάνατό του.
Εργάστηκε στο Κέντρο Έρευνας της Ελληνικής Λαογραφίας στην Ακαδημία Αθηνών. Από το 1991, υπήρξε αντιπρόεδρος και από το 1994 πρόεδρος του Μουσείου Ελληνικών Λαϊκών Μουσικών Οργάνων «Φοίβος Ανωγειανάκης». Από το 1977 ως το 1984 ήταν συνεργάτης του Γ΄ Προγράμματος της ΕΡΤ με εκπομπές για τη βυζαντινή εκκλησιαστική μουσική και από το 1988 μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Ελληνικού Ιδρύματος Πολιτισμού.